බොන්සායි පැල සඳහා ජලය දැමීම ප්‍රධාන කළමනාකරණ කාර්යයකි. ජලය දැමීම සරල බව පෙනේ, නමුත් එය නිවැරදිව ජලය දැමීම පහසු නැත. ශාකයේ ශාක විශේෂ, සෘතුමය වෙනස්කම්, වර්ධන කාලය, මල් පිපෙන කාලය, උදාසීන කාලය සහ කාලගුණික තත්ත්වයන් අනුව ජලය දැමීම සිදු කළ යුතුය. ජලය දැමීමේ කාලය හා ප්‍රමාණය ප්‍රගුණ කිරීම ශාක වර්ධනය සඳහා ඉතා වැදගත් වේ. සමහර බොන්සායි ශාකවල මරණය නුසුදුසු ජලය දැමීම සමඟ කෙලින්ම සම්බන්ධ වේ.

පෝච්චිවල ඇති ශාකවලට ජලය සහ පෝෂ්‍ය පදාර්ථ සැපයීමට අමතරව, භාජන පස මගින් ශාකවල සාමාන්‍ය වාතය ආශ්වාස කිරීමද සිදු කරයි. බඳුනේ පස ප්රමාණවත් තෙතමනය ඇති විට, පස අංශු ප්රසාරණය වන අතර, අංශු අතර ඇති හිඩැස්වල වාතය මිරිකා හැරීම, බඳුනේ පසෙහි වාතය නොමැති වීම; බඳුනේ පස වියළි හෝ සාපේක්ෂව වියලි වූ විට, පාංශු අංශු හැකිලී, පරිමාව කුඩා වන අතර, අංශු අතර හිඩැස් නැවත දිස්වේ. හිඩැස් වාතයෙන් පිරී ඇත.

පස වියළි හා තෙත් අතර වෙනස් වන විට, බඳුනේ පසෙහි වාතය ද අඛණ්ඩව සංසරණය වන අතර, ශාක මුල්වලට සාමාන්යයෙන් හුස්ම ගැනීමට ඉඩ සලසයි. එක් එක් ජලය දැමීමෙන් පසු, ශාකයේ මුල් කෙටි කාලයක් තුළ බඳුනේ පසෙහි ඔක්සිජන් නොමැතිකම ඉවසා සිටීමට හැකි වනු ඇත. කෙසේ වෙතත්, බඳුනේ පස දිගු කාලයක් තෙත් නම්, දිගුකාලීන ඔක්සිජන් හිඟයක් ඇති වුවහොත්, එය මුල් ඛාදනය සහ අනෙකුත් රෝග ඇති කරයි; පස දිගු කාලයක් වියළී ඇත්නම්, පෝච්චි පසෙහි ප්‍රමාණවත් ඔක්සිජන් තිබුණද, ශාකවලට දිගු වේලාවක් ජලය අවශෝෂණය කරගත නොහැක, එය ශාක වර්ධනයට ද අහිතකර වන අතර ඒවා මිය යාමට පවා හේතු විය හැක. එම නිසා බොන්සායි පැලවලට වතුර දැමීමේදී "වියළන විට වතුර දමන්න එපා, හොඳින් වතුර දමන්න" යන මූලධර්මය අනුගමනය කළ යුතුය.

ශාකවලට ප්‍රමාණවත් ලෙස ජලය දැමීම සහ විජලනය නොකිරීම නිසා අතු මැලවී වැටීමට සහ කොළ මැලවී, කහ පැහැයට හා වැටීමට හේතු වේ. කේතුධර විශේෂ සම්බන්ධයෙන්, ඉඳිකටු මෘදු වන අතර ඒවායේ ශක්තිමත් සහ කටුක හැඟීම නැති වී යයි. ජල හිඟය උග්‍ර වූ විට අතුවල බාහිකය පාත්තයින් මෙන් හැකිලී යයි. ගිම්හානයේදී ඔබ මෙම තත්වයට මුහුණ දෙන්නේ නම්, ඔබ වහාම ශාකය සෙවන සහිත ස්ථානයකට ගෙන යා යුතුය. උෂ්ණත්වය පහත වැටීමෙන් පසු, මුලින්ම කොළ මත ජලය ඉසින්න, ඉන්පසු බඳුනට වතුර ටිකක් වත් කරන්න, ඉන්පසු පැයකට පසු ජලය හොඳින් වත් කරන්න.

දැඩි ලෙස විජලනය වූ ශාක සඳහා, එකවර ප්‍රමාණවත් ලෙස ජලය නොදැමීමට වග බලා ගන්න, මන්ද ශාකය දැඩි ලෙස විජලනය වූ විට, මූල බාහිකය හැකිලී ඇති අතර සයිලම් වලට ආසන්න වේ. හදිසියේ ජලය විශාල ප්‍රමාණයක් සැපයෙන්නේ නම්, ජලය වේගයෙන් අවශෝෂණය වීම නිසා මූල පද්ධතිය ප්‍රසාරණය වන අතර, බාහිකය කැඩී යාමෙන්, ශාකය මිය යාමට තුඩු දෙයි, එබැවින් ක්‍රමයෙන් අනුවර්තනය වීමේ ක්‍රියාවලියක් අවශ්‍ය වේ. දැඩි ලෙස ජල හිඟයක් ඇති ශාක ඉහත ප්‍රතිකාර ක්‍රමයට භාජනය කිරීමෙන් පසු ඒවා සෙවණ මඩුවක් යට දින කිහිපයක් නඩත්තු කර ශක්තිමත් වූ පසු අව්වේ වගා කිරීම වඩාත් සුදුසුය. කෙසේ වෙතත්, අධික ලෙස ජලය නොයන්න. ශාක දැඩි ලෙස වර්ධනය වීමට අමතරව, ගසේ හැඩයට සහ විසිතුරු වටිනාකමට බලපාන, අධික ලෙස ජලය දැමීම ද පහසුවෙන් මුල් කුණුවීමට හා මරණයට හේතු විය හැක. කුඩා බොන්සායි භාජන සඳහා අඩු පස් අවශ්‍ය වේ, එබැවින් නියමිත වේලාවට සහ නියම ප්‍රමාණයට ජලය දැමීම විශේෂයෙන් වැදගත් වේ.